Data文件书写步骤
lammps中关键的一步是data文件的建立,这里总结3种不同的方法来建立data文件。(个人推荐方法二)
方法一
首先通过Ms建立模型,然后输出cif或者pdb格式文件(最好用pdb格式文件,因为pdb格式文件包含电荷);其次,通过Atomsk进行格式转化,将cif格式转换成lammps识别的lmp格式文件;(注意:MS导出cif格式经过atomsk转换成.Lmp格式,data文件中的原子类型是atomic;MS导出pdb格式经过atomsk转换成.Lmp格式,data文件中的原子类型是charge;)
- 在MS中建好模型
- 输出pdb或者cif格式数据,依次是File-Export,选择pdb或者cif格式进行保存.
- pdb/cif转lmp格式
首先安装Atomsk,然后打开windows powershell,因为安装位置不同,所以,前面使用的命令不一样,具体转换命令如下:’F:\setup\Atomsk\atomsk.exe’ atomsk BaTiO.pdb lmp 或者 atomsk BaTiO.pdb lmp其中,’F:\setup\Atomsk\ ‘是Atomsk的安装位置\后面要加上应用程序名atomsk.exe,BaTiO.pdb是MS输出的pdb格式文件,lmp是要转换成的lammps识别的data文件,至此,data文件完成。(此方法建立出来的data文件只有charge和atomic两种原子类型)
方法二
- 首先还是通过MS建立模型,模型建立好之后导出pdb格式,通过Atomsk将pdb格式转换成lammps可识别的.lmp格式文件。
- 通过OVITO可视化软件打开.lmp文件,然后点击File→Expoer File,
- 命名后,保存类型选择LAMMPS Data File,点击确定。
- 点击确定后弹出Data Export Setting 窗口,在lammps atom style中有多种原子类型(atomic,bond,charge,full等)选择自己想要保存的原子类型即可。最后点击OK。
方法三(不推荐)
- MS中建立好结构模型后,在forcite模块中指定为cvff力场,注意不要执行run,直接关闭。
- 将MS建立的模型导出成.car格式文件,同时自动产生.mdf文件(mdf文件中保存有对应的力场参数信息,如上面的cvff力场)。
- 打开命令提示符窗口,将msi2lmp.exe拖动到命令行中,空一格;将上述生成的.mdf文件拖动到命令行中,去除后缀.mdf,空一格,输入-p 1 –c 1 –frc,空一格;将lammps安装目录下的frc_files文件夹中的cvff.frc拖动到命令行中,空一格,输入-i –n -o,最后enter键执行命令生成.data文件。(注:-p –c –frc –i –n –o的具体含义请见frc_files文件夹中的README-msi2lmp.txt)