目的 介绍如何使用力场方法计算气体在致密材料中的扩散系数。 所用模块 Materials Visualizer、Forcite Plus、Amorphous Cell、COMPASS、可选Pipeline Pilot Connector 背景 气体在有机溶剂、聚合物或分子筛中的扩散率可以通过运行分子动力学模拟和确定气体在材料中的均方位移来计算。同时…

1 前言 在网上答疑时，经常看到有Gaussian初学者问诸如“我要算xxx，是不是用HF能量”、“我应该用SCF Done能量对比么？”。这种问法被内行人看了很烦，完全是根本没入门、没常识的问法，回答他本来想问的问题前还得先给对方科普一下从输出文件里该读什么数据。鉴于每次都科普一遍太麻烦、甚至都懒得回复，索性这里专门写个小文章说一下对于常见类型的…

经常有人问“反应势垒小于多少反应才容易发生？”这种问题，本文就专门说一下。 1 拿什么来衡量反应快慢？ 首先要明确“势垒”或“能垒”（barrier）到底是指什么。这个词比较含糊，可以指代很多种，比如： (1)电子能垒：用过渡态结构的电子能量减反应物结构的电子能量。电子能量是指什么这里说了《谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量》（…

1 前言 基于量子化学方法的动力学一般称为从头算动力学（Ab initio molecular dynamics, AIMD），相比于基于一般的经典力场的动力学，其关键优势在于精度高、普适性强、能够描述化学反应，代价是耗时相差N个数量级。ORCA量子化学程序有不错的做BOMD形式的从头算动力学的功能，使用很方便，而且本身ORCA做DFT的效率又高，…

1 前言 molclus是免费、灵活、好用的团簇构型与分子构象搜索程序，如今已经被广泛使用，请阅读官网http://www.keinsci.com/research/molclus.html中的信息了解详情。简单来说，在分子构象搜索方面，用户首先需要产生一批初始构象记录到traj.xyz文件中，然后molclus程序可以按照用户的要求调用特定计算程…

0 前言 Molclus是免费灵活易用的团簇构型与分子构象搜索程序，如果不熟悉的话，请先看官网http://www.keinsci.com/research/molclus.html和《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》（http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html）中的介绍。Molclus…

1 依次执行多个指令 比如要依次执行g09 < 1.gjf > 1.out、g09 < 2.gjf > 2.out、g09 < 3.gjf > 3.out，可以只输入一条命令，每条命令间用分号隔开： g09 < 1.gjf > 1.out;g09 < 2.gjf > 2.out;g09 < 3.gjf > 3.out 也可以写一个文本文件比如t.s…

1.准备编译环境 一定要安装gfortran，不然并行计算会报错。参考：https://orcaforum.kofo.mpg.de/viewtopic.php?f=9&t=7566 apt-get install build-essential gfortran 2.安装openmpi wget https://download.open-…

前段时间甲骨文云即 Oracle Cloud Infrastructure 推出了 Ampere A1 计算实例，使用的是由甲骨文投资的 Ampere 公司所研发的 Ampere Altra 处理器，本文将介绍如何在甲骨文 ARM 实例上编译安装计算化学软件包 GAMESS。 甲骨文新推出的 Ampere A1 计算实例使用了 Ampere Alt…

This is yet another part in my series of blogs about molecular modelling. This blog is going to be about predicting infrared spectrum of a molecule by calculation. Infrared (I…